ник: osmor
создать пустую базу
в ней сделать связанные таблицы из двух других
Создать запросы на выборку совпадающих (отсутствующих) записей связав таблицы по нужным полям.
можно создать мастером и подправить под себя.
На основе этих запросов создать запросы на создание новых таблиц.