ник: seluvan
Все выше перечисленное прописывается в договоре, а после подписания акта приёма-передачи все "бока" ваши проблеми. Лучше всего делать договор +дополнения к договору, где конкретно прописывать ТЗ, стоимость , сроки.
P.S. Никогда не здавал проекти в эксплуатацию, но работаю бухгалтером по учёту ОС и НМА, поэтому опыт по оприходыванию НМА присутствует (конкретно индивидуальной разработки )